Nigulisten museon kokoelmaan kuuluu Viron keski- ja varhaismodernin ajan kirkkotaiteen merkittävin osa. Suuri osa Nigulisten museon kokoelmissa olevista teoksista on peräisin Nigulisten kirkosta, ja esineet ovat esillä alkuperäisillä paikoillaan.
Ensimmäiset kirkkotaideteokset on lahjoitettu Viron taidemuseon kokoelmiin 1920-luvulla, mutta valtaosa teoksista on päätynyt museoon toisen maailmansodan jälkeen. Vuonna 1984 avattu Nigulisten museo toimii sodanjälkeisistä vaurioista korjatussa Nigulisten kirkossa.
Nigulisten kokoelmaan kuuluu myös varhaismoderneja, lähinnä 1500–1600-luvulta olevia epitafeja ja vaakunakilpiä. Oman kokoelmansa muodostavat 1500–1700-luvun seinäkyntteliköt ja kattokruunut. Niistä vanhin ja harvinaisin on lähes neljän metrin korkuinen messinkinen lattiakynttelikkö. Tämä lyypekkiläisessä valimossa valmistettu seitsenhaarainen kynttelikkö on lahjoitettu Nigulisten kirkolle vuonna 1519. Nigulisten museossa on esillä myös yli sata hautalaattaa ja niiden kappaletta. 1300–1600-luvun hautalaatat ovat suurelta osin peräisin Nigulisten kirkosta.