Коллекция музея Нигулисте включает в себя наиболее выдающуюся и ценную часть эстонского церковного искусства периода Средневековья и раннего Нового времени. Большая часть произведений в собрании музея Нигулисте происходит из церкви Нигулисте и сегодня экспонируется на своих первоначальных местах.
Первые предметы церковного искусства были подарены Художественному музею Эстонии в 1920-х годах, но львиная доля произведений передана в музей после Второй мировой войны. Музей Нигулисте, открытый в 1984 году, действует в церкви Нигулисте, восстановленной после разрушений военного времени.
Центром собрания музея Нигулисте являются запрестольные образы и деревянные скульптуры позднего Средневековья. Гордостью коллекции является доставленный в Таллинн в 1481 году запрестольный образ с двумя парами створок для главного алтаря церкви Нигулисте, изготовленный в Любеке, в мастерской Хермена Роде. Он является одним из наиболее хорошо сохранившихся и крупнейших северогерманских створчатых алтарей позднего Средневековья во всем мире. Собрание также включает в себя три алтаря из Нидерландов: алтарь Страстей Христовых, изготовленный в мастерской мастера из Брюгге Адриана Изенбрандта (с последующими, написанными поверх картинами Михеля Зиттова), запрестольный образ алтаря Девы Марии таллиннского братства Черноголовых, приписываемый мастеру легенды Святой Лючии, а также брюссельский створчатый алтарь Святой Родни. К ним добавляются также створчатые алтари и скульптуры святых из различных церквей Эстонии. Самым известным экспонатом музея является картина «Пляска смерти», изготовленная в мастерской Бернта Нотке в конце 15-го века, от которой до настоящего времени сохранился лишь начальный фрагмент полотна длиной 7,5 метров.
В собрание музея Нигулисте входят также эпитафии и гербы-эпитафии, относящиеся к раннему Новому времени, в основном с 16 по 17 век. Отдельные коллекции представляют настенные светильники и паникадила 16‒18 века. Самым старым и редким из них считается латунный напольный подсвечник высотой около четырех метров. Этот семирожковый подсвечник был изготовлен в литейной мастерской Любека и дарован церкви Нигулисте в 1519 году. В музее Нигулисте также выставлено более 100 надгробных плит и их фрагментов. Большая часть надгробных плит 14‒17 веков является наследием церкви Нигулисте.
Мастерская любекского мастера Бернта Нотке. «Пляска смерти». Конец XV века. Художественный музей Эстонии
Мастерская любекского мастера Хермена Роде. Образ главного алтаря
церкви Нигулисте. 1478–1481. Художественный музей Эстонии
Мастерская любекского мастера Хермена Роде. Образ главного алтаря
церкви Нигулисте. 1478–1481. Художественный музей Эстонии
Мастерская любекского мастера Хермена Роде. Образ главного алтаря
церкви Нигулисте. 1478–1481. Художественный музей Эстонии
Мастерская автора «Легенды о святой Люции» в Брюгге. Алтарный образ с Девой
Марией Таллиннского Братства черноголовых. До 1493. Художественный музей Эстонии
Мастерская Адриана Изенбрандта в Брюгге. Алтарный образ «Страсти Господни». Около 1515–1520. Художественный музей Эстонии
Мастерская Адриана Изенбрандта в Брюгге. Алтарный образ «Страсти Господни». Около 1515–1520. Художественный музей Эстонии