Niguliste muuseumi näitused keskenduvad kesk- ja varauusaegsele kirikukunstile, sakraalpärandile ja visuaalkultuurile, samuti konserveerimis- ja muinsuskaitsealastele ning kunstiteoste tehnilisi uuringuid puudutavatele küsimustele. Näitused on tihedalt seotud püsiekspositsiooni ja käimasolevate teadusprojektidega.